云南普者黑湿地独特的喀斯特地貌和水文环境，孕育了丰富的生物多样性与特有性。现有维管束植物823种，隶属于151科。其中蕨类植物17科46种；裸子植物6科16种；被子植物128科，761种，显示湿地公园内植物多样性非常丰富。其中属于国家II级保护珍稀濒危植物4种即海菜花、野菱、扇蕨、箭叶大油芒。

两栖动物6种，隶属于1目3科；

爬行动物10种，隶属于1目3科；

兽类16种，隶属于6目8科；

鱼类89种，其中丘北盲高原鳅、丘北金线鲃和鹰喙角金线鲃3种为丘北喀斯特湿地特有种；

鸟类208种，其中列入《国家重点保护野生动物名录》的物种共计22种，包括I级重点保护动物2种，即金雕、东方白鹳，国家II级重点保护鸟类20种，它们是鸳鸯、蜂鹰、鸢、赤腹鹰、雀鹰、松雀鹰、普通鵟、白尾鹞、猎隼、游隼、燕隼、灰背隼、黄爪隼、红隼、草鸮、领角鸮、斑头鸺鹠、褐林鸮、黑翅鸢、褐翅鸦鹃；《国家保护的有益的或者有重要经济、科研价值的陆生野生动物名录》中的鸟类131种。

部份野生动植物图片：

1、海菜花  Ottelia acuminata Dandy   水鳖科

2、野菱 Trapa incisa var. Quadricaudata  菱科

3、西南金丝桃  Hypericum henryi Levl.et van subsp.henryi 金丝桃科